安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。学校是“中西部高校基础能力建设工程”项目高校，是安徽省“地方特色高水平”大学建设高校。
学校是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地，国家博士授权单位、硕士研究生推荐免试单位。现占地总面积1269.68亩，有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四个校区。图书馆藏书207.16万册，古籍部珍藏古籍线装书3.3万册，是“全国古籍重点保护单位”。中药资源中心腊叶标本室储藏了15万余份药用植物腊叶标本，是全国医药院校珍藏标本最丰富的标本室。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。
学校现有全日制在校生17681人（其中博士、硕士2706人），有16个二级院部（含3所直属附属医院），7所非直属附属医院。现有教职工4474人，其中副高以上职称人员961人。有国医大师2人，岐黄学者1人，全国名中医2人，青年岐黄学者2人，国家名老中医学术经验项目指导教师56人，享受国务院特殊津贴27人、省政府特殊津贴12人，安徽省高校领军人才5人，安徽省学术与技术带头人16人、后备人选13人，安徽省中医药领军人才11人，安徽省领军人才团队2个，省“115”产业创新团队2个，博士生导师90人，硕士生导师725人。有来自国内外的64名知名专家学者担任学校客座教授。
学校现有27个本科专业，4个国家级一流本科专业建设点，10个省级一流专业建设点，8门国家级一流本科课程。有3个一级学科博士学位授予点，5个一级学科硕士学位授予点，26个二级学科硕士学位授予点，4个硕士专业学位授权点。有安徽省Ⅱ类高峰学科1个，安徽省Ⅲ类高峰学科1个，安徽省学科建设重大项目2个，国家中医药管理局重点学科17个，安徽省A类重点学科1个，安徽省B类重点学科12个。有国家临床重点专科9个，国家中医药管理局重点专科20个。
学校以人才培养为第一要务，学校现有2个国家级教学团队，23个省级教学团队，2个国家级实验教学示范中心，1个国家级专业综合改革试点项目，2个国家级卓越医生（中医）教育培养计划，2位国家中医药高等学校教学名师。获国家级、省级质量工程项目600余项，国家级教学成果一等奖1项、二等奖3项，省级教学成果特等奖5项、一等奖13项。
学校注重彰显办学特色，设立大学生课外学术科技创新与创业基金和赢卓奖学金，开展“百人获奖、千人参与、万人受益”的大学生知识技能竞赛，如“挑战杯”“互联网+”“创新、创意及创业”等各级各类竞赛活动。近三年，共有千余人次获省部级以上表彰和奖励400余项，其中国家级赛事获奖129项（含国家级A类赛事一等奖4项）。学校重视实践育人，荣获全国大中专学生志愿者暑期“三下乡”社会实践活动优秀单位、中国青年志愿服务项目大赛铜奖。学校近5年毕业生平均就业率在94%以上。
学校大力推进科技强校战略，近5年共承担各级科研项目近2000项，其中国家级项目近200项，2017年学校获批国家重点研发计划，2019、2020连续两年实现国家自然科学基金重点项目立项突破，主持承担区域创新发展联合基金。2016年以来，获省部级以上科技奖励47项，其中国家科学技术二等奖1项，省部级一等奖5项；发表高水平科研论文800余篇，其中中科院二区以上论文200余篇；获授权发明专利60余项。现有12个省级科技创新团队，27个省部级以上科技创新平台，另与科研院所、企业等单位共建有18个省部级以上科技创新平台。
学校不断加强产学研合作，与黄山、亳州、六安等15个市县人民政府及一大批国内知名中医药企业签订合作协议，建有近50个产学研合作基地。学校紧跟地方建设需求，围绕以中医药为主的科技开发和科技服务，加强与地方政府和相关企业多层次、多方位、多模式的全面合作，开展科技攻关、企业新产品开发、技术咨询与服务等方面合作，并制定相关政府中药材发展规划。建立了安徽省中药材科技产业战略联盟，获“全国科技特派员工作先进集体”、“中医药科技管理工作先进集体”、“推动中医药学术发展特别贡献奖”等称号和荣誉。
2016年以来，为地方政府制定发展规划10余项；承担了200余项校企合作课题，年均横向合作科研经费超1000万元，与企业共建科技合作平台15个；作为主要技术支撑单位参与推进“十大皖药”产业示范基地建设；指导亳州、六安、黄山、池州、宣城、滁州、安庆、阜阳等地区药农中药材种植，受益人群上万人。实现学校优势学科与地方产业布局的有效对接，在提升企业技术创新力的同时，带动地方经济发展。
学校与美国、澳大利亚、德国、希腊、马来西亚、日本等20多个国家和地区的40多个医疗和教育机构建立了友好合作关系。先后有10多个国家和地区的学员来校攻读博士、硕士、学士学位以及参加中短期培训。
学校注重提升医疗服务水平，第一附属医院是全省最大的三级甲等综合性中医医院；第二附属医院是全国首家也是规模最大的三级甲等针灸专科医院；第三附属医院是国家第三批重点建设的中西医结合医院；国医堂是一所以纯中医方式为主要医疗手段的医疗单位。
目前，学校已发展成一所以中医药学科为主，相关学科协调发展，办学层次齐全，中医药特色鲜明的高等中医药院校。面向未来，学校将继续坚持“质量立校、人才兴校、科技强校、文化塑校、依法治校、开放荣校”六大战略，着力培育“精诚是新”中医药人才，构筑安徽中医药协同创新高地，引领安徽中医药事业产业发展，建成国内有实力、省内高水平、行业有影响的中医药特色鲜明的地方高水平大学，为建设现代化五大发展美好安徽、服务人民大众健康做出更大贡献。
