培养目标：
面向北京及京津冀区域经济社会发展的需要，能将所学知识应用到药品、药用辅料、医药中间体以及其他相关产品的技术开发、销售等实践中以解决所遇到的复杂问题。具有职业道德、社会责任感和较强的创新意识和创业能力。具有良好的沟通能力和一定的国际交往能力。能够在制药及其相关领域的生产、研发企业、科研院所、管理部门等单位从事产品开发、工程设计、生产管理、销售等高素质的工程技术人才。
培养特色：
教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业：本专业以“3+1”培养方案为主导，课程体系按模块进行组合，以化学、生物学，药学及工程技术为龙头；以药物分析、生物制药技术、化学药物技术、制药工程学等课程为核心构建成本专业的核心课程群。
校企融合 协同育人：本专业与北京亦庄生物医药园合作开设“生物医药园班”，2015年获得“北京市级校外人才培养基地”称号；与北京同仁堂（集团）有限责任公司、北京泰德制药股份有限公司、华润双鹤药业股份有限公司、北京红惠新医药科技有限公司、北京诺康达医药科技有限公司等多家制药企业和科研单位建立了合作关系，使学生真正参与制药工程专业的人才培养，为“卓越”计划的实施创造了良好条件。
就业前景：
自2012年首届毕业生起至2016年，连续五届毕业生就业率为100%。学生毕业后部分考取研究生进一步学习深造，其他毕业生可到医药及相关领域的产品研发企业、生产企业、营销企业、科研院所、药品监督管理部门等单位从事产品开发、生产、管理、营销、质控检验等岗位工作。学校与国外多所大学建立合作关系，在校期间进行短期学习交流；与英国赫瑞•瓦特大学建立”2+2”双学位联合培养协议，为学生进一步深造搭建了良好平台。
